SISTEMA DE INFORMACIÓN PARA EL MANEJO DE DATOS MOLECULARES EN CAFÉ: II. DESARROLLO DE BASES DE DATOS
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Rivera, L. F., Orozco, C. E., Chalarca, A., & Cristancho Ardila, M. A. (2023). SISTEMA DE INFORMACIÓN PARA EL MANEJO DE DATOS MOLECULARES EN CAFÉ: II. DESARROLLO DE BASES DE DATOS. Revista De La Academia Colombiana De Ciencias Exactas, Físicas Y Naturales, 32(124), 325–330. https://doi.org/10.18257/raccefyn.32(124).2008.2294

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Resumen

Cenicafé ha realizado el desarrollo de una plataforma de Bioinformática para el almacenamiento, análisis y fácil accesibilidad de los datos del proyecto de estudio del genoma del café, la broca y el hongo Beauveria bassiana. Los proyectos que involucran la construcción de librerías de cDNA y el desarrollo de secuencias de ESTs tienen como objetivo general obtener el catálogo de genes de una especie en particular. En el presente trabajo se describen las bases de datos desarrolladas en Cenicafé y las estadísticas de las secuencias depositadas en las mismas hasta Mayo del 2007. Estas bases de datos incluyen las correspondientes al análisis de “Trancript Assemblies” a partir de secuencias de ESTs, marcadores moleculares microsatélites (SSRs) y BES (BAC-End sequences). El sistema desarrollado tiene implementadas para su acceso interfaces Web, de fácil acceso y utilización por parte de los investigadores del proyecto de estudio de genoma desde cualquier computador de Cenicafé a través de un sistema de autenticación que permite mantener la seguridad de los datos. El sistema desarrollado permite un amplio crecimiento y el acceso a la información actualizada de cada especie estudiada en forma rápida y eficiente.

https://doi.org/10.18257/raccefyn.32(124).2008.2294

Palabras clave

Expressed Sequenced Tag | ESTs | bBases de datos relacionales | análisis de secuencia | ensamblaje de transcritos
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Ewing B, Hillier L, Wendl M, Green P. 1998. Basecalling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment. Genome Research 8:175-185.

Huang X.; Madan A. 1999. CAP3: A DNA Sequence Assembly Program. Genome Research 9: 868-877.

Lin C, Mueller LA, Mc Carthy J, Crouzillat D, Pétiard V, Tanksley SD. 2005. Coffee and tomato share common gene repertoires as revealed by deep sequencing of seed and cherry transcripts. Theor Appl Genet. 112: 114-130.

Montoya, G.; Cristancho, M.A.; Moncada M.P. 2006. Análisis de secuencias de genes de Coffea arabica var. Caturra. Cenicafe 57: 79-87.

Pertea G, Xiaoqiu Huang, Feng Liang, Valentin Antonescu, Razvan Sultana, Svetlana Karamycheva, Yuandan Lee, Joseph White, Foo Cheung, Babak Parvizi, Jennifer Tsai, John Quackenbush. 2003. TIGR Gene Indices clustering tools (TGICL): a software system for fast clustering of large EST datasets. Bioinformatics 19: 651-652.

Samson, N., Michael G. Bausher, Seung-Bum Lee, Robert K. Jansen, Henry Daniell 2007. The complete nucleotide sequence of the coffee (Coffea arabica L.) chloroplast genome: organization and implications for biotechnology and phylogenetic relationships amongst angiosperms Plant Biotechnology Journal 5 (2): 339-353.

Smit, AFA, Hubley, R & Green, P. RepeatMasker Open 3.0. 1996-2004 <http://www.repeatmasker.org>.

Teufel, A, Markus Krupp, Arndt Weinmann, Peter R. Galle. 2006. Current bioinformatics tools in genomic biomedical research (Review). International Journal of Molecular Medicine 17: 967-973.

Thiel T, Michalek W, Varshney RK, Graner A. 2003. Exploiting EST databases for the development and characterization of gene-derived SSR-markers in barley (Hordeum vulgare L.). Theor Appl Genet 106: 411-422.

Zhang Z., Schwartz S., Wagner L., & Miller W. 2000. A greedy algorithm for aligning DNA sequences. J Comput Biol 2000; 7(1-2): 203-214.

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